Теснимые джунгарскими войсками, казахи откочевывали, оставляя скот и имущество. Джунгары истребляли население аулов, не успевших откочевать, а попадавших в плен превращали в рабов. Уцелевшие аулы Среднего и Старшего жузов откочевали в район Ходжента, к каракалпакам, в Хиву, а часть казахов из восточных и северных районов — к границам России. Эти откочевки совпали с джутом, начался голод, многие аулы целиком погибли. Около 1725 г. джунгары дошли до Сайрама, Туркестана и Ташкента, угрожая покорением Младшему жузу. В этот период казахи, несколько оправившись от первоначального разгрома, организовали отпор врагу. Были созданы ополчения, во главе которых стал хан Младшего жуза —султан Абулхайр. Казахское ополчение провело несколько сражений, благодаря которым движение джунгар было приостановлено.
Джунгары нанесли большой ущерб хозяйству казахов: много скота было захвачено, земледельческие оазисы Семиречья разрушены. В связи с захватом джунгарами Туркестана, Ташкента и других городов казахи оказались отрезанными от ремесленных и земледельческих центров Средней Азии. Начался упадок хозяйственной жизни, сопровождавшийся ослаблением политической власти ханов. Власть Абулхайра распространялась только на часть Младшего жуза. В Среднем жузе было два хана и несколько самостоятельных султанских владений. Несмотря на угрозу джун-гарского завоевания, феодальная знать по-прежнему продолжала междоусобную борьбу за власть. Все это ставило в крайне тяжелое положение трудовые массы казахского народа и обусловливало неустойчивость хан-ской власти в Казахстане. В этой обстановке перед казахскими политическими верхами встала задача сохранить не только свою власть, но и народ, от истребления джунгарами. Среди феодальных верхов выделилась группа батыров и султанов во главе с Абулхайром, которая решила искать, у России поддержку в борьбе с джунгарами. К сближению с Россией их побуждали также и экономические причины.
Казахи издавна тяготели к России как к более развитой в экономическом отношении стране, с которой они, начиная с XVI в., вели торговлю и имели дипломатические связи. К началу XVIII в. эти связи стали более тесными. Из всех соседних государств только Россия могла удовлетворить запросы кочевого скотоводческого населения в товарах ремесленного-и промышленного производства, а также потребность в хлебе, которого среднеазиатские ханства производили недостаточно. В то же время Россия являлась огромным потенциальным рынком для сбыта продуктов казахского скотоводческого хозяйства. В годы нашествий джунгаров тяготение Казахстана к России усилилось.
В начале XVIII в. границы России вплотную подошли к северной части Казахстана. В 1715 г. Петр I послал в Восточный Казахстан и на Алтай военную экспедицию подполковника Ивана Бухгольца. С 1715 по 1718 г. она заложила последовательно крепости на Ямышевом озере, Омскую, Железинскую и Семипалатинскую. Так было положено основание Иртышской военной линии, сыгравшей положительную роль в борьбе казахов против джунгар.