Активизация бухарцев вызвала реакцию и в самом Самарканде. Сторонники эмира - представители феодальной знати и духовенства из особенно ярых приверженцев ислама - стали подстрекать горожан к нападению на русских. Верещагин не раз был свидетелем того, как на улицах города собирались толпы народа и жадно слушали призывные проповеди мулл. Командующий не придал этому значения и выступил из Самарканда с основными силами, оставив в крепости лишь небольшой гарнизон. Как только отряд Кауфмана покинул город, распространились слухи, что самаркандцы замышляют восстание. Комендант крепости не советовал Верещагину выходить в город, который будто бы был полон вооруженными возбужденными людьми. Со стен крепости можно было разглядеть, что на возвышенности Чопата, господствующей над городом, собралось много вооруженных людей и блестели составленные в козла ружья. Здесь были не только взявшиеся за оружие горожане, но и солдаты бухарского эмира.

На следующий день, когда художник допивал чай, собираясь дописывать этюд, раздались воинственные возгласы и послышалась стрельба. Верещагин понял серьезность положения - противник начал штурм крепости - и, схватив револьвер, бросился к Бухарским воротам. Именно оттуда доносилась стрельба. Гарнизон защитников крепости насчитывал всего до пятисот человек. У противника же, судя по наблюдениям, было тысяч двадцать. Оборона крепости осложнялась тем, что стены были старые, в пробоинах.

Достигнув ворот и видя малочисленность защитников, Верещагин схватил ружье первого попавшегося убитого солдата и набил карманы патронами. Атакующие располагали плохим оружием, но стреляли метко, к тому же из маленьких амбразур, пробитых в окружавших крепость глинобитных строениях. У русских таких амбразур в крепостной стене не было, огонь пришлось вести из-за ее полуобвалившегося гребня, почти на виду у противника, что и вызвало большие потери.

Драматические эпизоды обороны

В течение семи суток сражался Верещагин в рядах защитников крепости как простой солдат. Поначалу солдаты называли его «ваше степенство», но потом когда принявший на себя командование одним из опасных участков полковник Назаров, человек дерзкой отваги, назвал его Василием Васильевичем, то все это подхватили, и скоро весь гарнизон стал звать Верещагина по имени и отчеству.

Художник так описал один из драматических эпизодов обороны крепости: «В это время начальник крепостной артиллерии бравый капитан Михневич, всюду поспевавший, раздал нам ручные гранаты для бросания через стены в неприятельские толпы. Между тем шум что-то затих, так что мы не знали, куда бросать их, да к тому же подозревали, не затевают ли какой особой каверзы - надобно было посмотреть через стену, где неприятель и что он делает. Офицеры посылали нескольких солдат, но те отнекивались, один толкал вперед другого - смерть почти верная.

«Постойте, я учился гимнастике». И прежде чем Назаров успел закричать: «Что вы, Василий Васильевич, перестаньте, не делайте этого»,- я был уже высоко.

«Сойдите, сойдите»,- шептал Назаров, но я не сошел, стыдно было, хотя, признаюсь, и жутко. Стою там, согнувшись под самым гребнем, да и думаю: «Как же это, однако, перегнусь туда, ведь убьют!» Думал, думал - все эти думы в такие минуты быстро пробегают в голове, в одну-две секунды,- да и выпрямился во весь рост! Передо мной открылась у стен и между саклями страшная масса народа и в стороне кучка в больших чалмах, должно быть на совещании. Все это подняло головы и в первую минуту точно замерло от удивления, что и спасло меня; когда уже опомнились и заревели: «Мана! мана!», т. е. вот, вот! - я уже успел спрятаться - десятки пуль влепились в стену над этим местом, аж пыль пошла.

«Сходите, бога ради, скорее»,- вопил снизу милейший Назаров, и, конечно, повторять этого не нужно было; я указал место, где были массы народа, и наши гранатки скоро подняли страшный переполох и гвалт, т. е. достигли цели».